Dizi, büyülü kız Lirik Nanoha Forvetlerinin olaylarından dört yıl sonra gerçekleşir, bu sırada büyülü kız Nanoha Takamachi, Sankt Kaiser Olivie Segbrecht'in reenkarnasyonu olan Vivio adlı genç bir kızı kurtardı ve benimsedi. İlkokulun dördüncü yılına girdikten sonra, Vivio'ya kendi istihbarat cihazı Sacred Heart verilir ve yetişkin Sankt Kaiser modunu kullanarak dönüştürme gücü kazanır. Kısa süre sonra, Vivio'ya benzer şekilde, başka bir Sankt Kaiser hükümdarı Claus GS Ingvalt'ın soyundan gelen Einhart Stratos adında bir kızla karşılaşıyor. Einhart, dövüş tarzının en güçlü olduğunu kanıtlamaya karar verirken, Vivio onunla arkadaş olur ve arkadaşlarıyla birlikte çeşitli büyülü rakiplere karşı savaştıkları ve geçmiş yaşamları hakkında daha fazla bilgi edindikleri bir dövüş sanatları turnuvasına girer.
