Son Düzen, Desty Nova'nın nanoteknolojisinin Alita'yı yüzen Tiphares şehrinde yeniden canlandırmasıyla başlar. Kasabanın kara sırları acımasızca açığa çıkıyor, ancak karmaşık bir dünyanın küçük bir parçası gibi görünüyor. Eski ve yeni şirketlerle, unutulmuş geçmişi hakkında daha fazla bilgi edinmek ve aynı şekilde kayıp arkadaşı Lou Collins'i aramak için uzaya giden Alita, sömürgeleştirilen güneş sisteminin ana güçleri arasındaki gezegenler arası bir savaşa yakalanır. Yolda, her 10 yılda bir düzenlenen bir dövüş yarışması olan Zenith of Things Turnuvası'na (ZOTT) girdiğinde, artık kendilerine inanmaya başlayan Alita Replicas'ın üçü, tatsız bir süper hacker ve Nova'nın kendisi ile bir ittifak kuruyor. Anlatının uzunluğu boyunca halkın çoğunu yok eden felaketli bir kıştan Dünya'nın ortaya çıkma şekli de dahil olmak üzere, Savaş Meleği Alita'nın önceki dizide açıklanmayan daha fazla tarihi gösteriliyor.
